Lunedi, 30 ° gennaio, 2023
Il Dr. Arindam Ghatak dell’Università di Vienna ha effettuato un profilo proteomico ad alto rendimento della varietà di patate Desiree per ottenere un quadro completo e imparziale delle alterazioni nel proteoma della patata (la somma di tutte le proteine presenti) in risposta a varie situazioni di stress.
Le piante sono state coltivate in un esperimento pilota presso il PSI con sede nella Repubblica ceca, un partner del progetto.
Tutte le proteine sono state isolate e pre-frazionate per questo esame complesso prima di essere digerite e sottoposte a spettrometria di massa, che consente il rilevamento di centinaia di proteine diverse in un singolo campione e, inoltre, la quantificazione della loro abbondanza. Il software Proteome Discoverer è stato quindi utilizzato per analizzare i dati raccolti (Thermo, Germania). Le proteine sono state identificate utilizzando il database curato internamente da Solanum (generato da NIB Institute, Ljubljana, Slovenia).
Dal raccolto 1 (un giorno dopo lo stress) e dal raccolto 3 in totale, sono state trovate 10341 proteine (8 giorni dopo lo stress). Nel raccolto 1, lo stress da ristagno idrico era il punto in cui è stata osservata la massima modulazione del proteoma. Qui, le proteine coinvolte nella segnalazione, nel metabolismo dei lipidi e nel legame dell’RNA hanno mostrato una maggiore attività rispetto ai controlli. Allo stesso modo, durante lo stress da calore rispetto ai controlli, le proteine coinvolte nella fotosintesi e nel metabolismo secondario sono aumentate, rivelando il meccanismo di risposta allo stress del proteoma.
In linea con il raccolto 1, anche il raccolto 3 ha mostrato che lo stress da ristagno idrico, il calore e gli effetti combinati del caldo e della siccità sono stati gli stress che hanno identificato la più forte regolazione del proteoma. Rispetto ai controlli e ad altri stress, la segnalazione 14-3-3 era elevata sotto lo stress da ristagno idrico, che colpisce le proteine classificate come appartenenti alla categoria funzionale del metabolismo energetico.
“Sulla base dell’identificazione preliminare, il ristagno idrico e lo stress da calore hanno dimostrato la regolazione più forte a livello di proteoma rispetto ad altri stress. Tuttavia, sarà interessante osservare il proteoma della fase di recupero rispetto ad altri punti del tempo di raccolta, specialmente durante lo stress da siccità. È in corso un ulteriore data mining per ottenere informazioni approfondite sui meccanismi di risposta allo stress delle piante e sulla fase di recupero nella varietà di patate Desiree”, hanno scritto gli scienziati.
Il progetto europeo Horizon 2020 Accelerated Development of multiple-stress tolerAnt PoTato (ADAPT), a cui Europatat partecipa, mira a sviluppare nuove strategie per rendere le patate adatte alle difficili condizioni di crescita del futuro.
Uno degli obiettivi principali del progetto è quello di studiare i cambiamenti morfologici, fisiologici, biochimici e molecolari della patata in risposta a stress da calore singolo e combinato, siccità e ristagno idrico applicando fenotipizzazione ad alto rendimento e tecnologie OMICS (genomica, trascrittomica, proteomica o metabolomica).
Una fonte: https://www.potatobusiness.com
